Az Nginx-et nem lehet összehasonlítani a i-MSCP-vel. Nagyban lesarkítva az i-MSCP egy frontend a háttérben futó programok beállításához. Azaz az Nginx-et az Apache-csivel lehetne összehasonlítani, pontosabban az Nginx+PHP-t az Apache2+PHP-val, mivel a php.ini tartalmán is sok múlik.
Ha mindent a végletekig szeretnél csiszolni, akkor ajánlatos lehet kihagni az i-MSCP-t és kézzel beállítani mindent, de akkor elvész a könnyű adminisztrálás. Mindehez te kellesz, hogy kézzel configolj.