naja, grade dann braucht man keine weiteren variablen mehr. ich habe sogar drei i-mscp server laufen die jeweils ihre domains an die jeweils beiden anderen synchronisieren.
bei deinem registrar musst du nur die richtigen nameserver eintragen, also die FQHNs deiner imscp server. bitte lese dich ein, wie dns funktioniert im allgemeinen. es bedarf keiner imscp spezifischen anleitung dafür.
bei abfrage für ns1.kundendomain.tld wird erst die kundendomain.tld aufgelöst, also dein registrar wird abgefragt (masterzone), dort kriegt man die ip der nameserver, also deiner imscp server, diese wiederrum lösen die subdomains ns1 und ns2 auf, und so stimmt wieder alles.
wenn du versucht die dns templates mit den externen FQHNs oder sonstwas zu füttern, werden auch anfragen für die subdomains extern aufgelöst was im besten falle länger dauert, im schlimmsten gar nicht aufgelöst wird.
die devs haben sich schon gedanken gemacht bei der ganzen sache