Frissítés új verzióra

Sziasztok,
Ha frissítem az I-MSCP-t egy újabb verzióra, magától felül írja a beállított konfig fájlokat. Ez azért probléma, mert ha egy külön php-modult telepítek és állítok be kézzel, vagy egyéb módosításokat eszközlök a php-, vagy más szolgáltatások beállításában, amit nem lehet a felületen elvégezni, akkor ezeket mind felül írja a frissítés.
Ti milyen megoldást alkalmaztok a frissítéskor, hogy az "egyedi" beállítások ne vesszenek el a rendszerből és ne keljen minden frissítésnél pl. a mailman dolgait újra beállítani?