Dann musst du halt deinen Apache so konfigurieren, dass er beim Aufruf der Hauptdomain eben nicht das CP anzeigt. Und die delegierten Nameserver eben, dass sie deine Subdomain(s) auch auflösen.
Nimms mir nicht übel, aber ich habe schwer den Eindruck, dass du nicht viel von dem verstehst was imscp macht bzw. wie das Ganze zusammenhängt. Ist ja an sich auch kein Problem sowas zu lernen, aber einen Server direkt ins Netz zu stellen, wenn man die Zusammenhänge noch nicht kennt. Vielleicht probierst du das erstmal lokal in einer VM aus...