бывает
дело в том, что диск лучше...
1. монтировать прямо туда, где он требуется. если весь диск исключительно для /var/www/virtual, то монтируем прямо туда. например mount /dev/sdb1 /var/www/virtual
2. если диск содержит директории для разных целей, то монтируем диск куда либо, например в /mnt/disk, после чего директории находящиеся на диске монтировать с помощью bind --mount в нужные директории. например mount /dev/sdb1 /mnt/disk
mount --bind /mnt/disk/mail/virtual /var/mail/virtual и mount --bind /mnt/disk/www/virtual /var/www/virtual
можно использовать /etc/fstab, для правильного синтаксиса погуглить.
если диск не в нативном формате linux, или в устарелом формате, т.е. не ext3fs или ext4fs, то проблемы могут возникнуть даже при правильном монтировании.
unlink поддерживается всеми нативными файловыми системами linux, но например extended attributes, которые пользуются для защиты директорий в i-MSCP требуют современную файловую систему. так-же не все сетевые диски/shares поддерживают нужные функции.