Ich hab jetzt von PHP nicht wirklich eine Ahnung, aber das klingt doch sehr nach einem gewollten Verhalten.
Ein schneller Blick zeigt mir in den "PHP-Einstellungen (Systemstandard)":
Wert für die max_execution_time Richtlinie 60 Sek.
Wert für die max_input_time Richtlinie 60 Sek.
Damit gibt man die Werte global vor.
Die Reseller haben unter Kunden, Übersicht, Domain bearbeiten auch noch mal diese Einstellungen. Diesmal dann für die Kunden.
An den Parametern würde ich als erstes drehen um festzustellen ob und welcher für das Verhalten verantwortlich ist.