Custom Configs vor überschreiben Schützen

Gibt es eine Möglichkeit eigene Konfigs bei Updates vor dem überschreiben zu schützen?
Ich habe eigene DNS Templates und habe bei einigen Kunden eigene php.ini (parameter die vom PHP Editor nicht gedeckt werden) die ich jedes mal wiederherstellen muss. Das nervt halt ein wenig und birgt fehlerpotential.