Habe es eben nochmal ohne nginx getestet, hat funktioniert. Liegt also an nginx.
Vielleicht verbindet er dann ja nicht als localhost sondern als 127.0.0.1. Ich werde nochmal ein wenig rumprobieren und später diesen Post editieren.
#Edit: Ich schaue mir gerade nochmal die pma_auth.php an und sehe, dass hier alles so Sachen wie $_SERVER['SERVER_PORT'] stehen. Werden dort die Ports aus der apache2 Datei "ports.conf" entnommen? Wenn ja, wie kann ich die Ports in der Datei manuell festlegen, da durch nginx in dieser Config File nun nicht die Ports so stehen sondern die Ports mit einem 127.0.0.1 davor.
Ich hoffe, dass mir dabei jemand helfen kann. Es wäre sicherlich nicht nur in meinem Interesse nginx mit i-MSCP zusammen laufen zu lassen..