Nun zu Deiner FTP-Geschichte.
Ja... Es ist so gewollt das der Alias-FTP in seinem Verzeichnis als Default rauskommt.
Schau Dir bitte dazu mal den angelegten FTP-Account an... Dort wurde ein "anderes Verzeichnis" eingetragen.
Wenn Du das entfernst, dann kommt er weiter oben raus.
Was Deine Berechtigungen betrifft, kann ich Dein Problem nicht nachstellen.
Mein Alias-FTP kann hoch-, runterladen und löschen.
Da würde ich mal überprüfen ob Du irgendwas manuell eingestellt hast