üblicherweise sollten glue records eingetragen werden.
ich empfehle für diesen zweck nicht die hostnamen der server zu benutzen, sondern eine separate domain zu nehmen (nennen wir sie nameserverdomain.tld). subdomains anlegen die dann als nameserver benutzt werden.
ns1.nameserverdomain.tld IN A ...
ns2.nameserverdomain.tld IN A ...
ns3.nameserverdomain.tld IN A ...
diese werden dann mit den respektiven IPs registriert, und bei den kundendomains als nameserver eingetragen im registrar interface.
da du bereits richtig festgestellt hast, haben die kundendomains zur zeit nsX.kundendomain.tld in der zone. was zwar falsch ist, aber nicht kritisch.
bei ausgiebigen tests deiner dns einstellungen wird nur ein warning erscheinen, kein error. leider sind einige europäische domain registrierungs organisationen da etwas kritischer (denic .de und afnic.fr)
sobald das plugin TemplateEditor fertig ist, wird man für die lokalen zonen auch die eigenen nameserver eintragen können. aber bitte jetzt noch nicht das plugin installieren, es ist nicht fertig!