Die Keys werden zwar in imscp.domain_dns gespeichert, aber bei einer Deinstallation/Installation des Plugins und erneutem aktivieren der Domain neu erstellt und überschrieben.
Wenn man den Server mit der i-MSCP-Installation auch als Primary-DNS nutzt, ist es auch kein Problem. Nutzt man externe DNS müssen die angepasst werden.
Wer nicht auf das aktuelle Release warten kann, findet hier github.com/i-MSCP/plugins/tree/master/incubator/OpenDKIM eine aktuelle Version. Es reicht aber aus die Datei backend/OpenDKIM.pm auszutauschen.
Ich warte lieber auf offizielles Release genauso wie bei imscp 
so läuft auch nichts falsch wo ich nachher breue könnte, auch wenn es easy ist 
was ich gerade mal überflogen habe, was gehen müsste.
Das ganze ist ungestet, müsste aber funktionieren.
Ich habe die Einträge für alle Domains jetzt manuell neu angelegt.
Diese werden offensichtlich unter /etc/opendkim/keys abgespeichert. Auf meinem alten Server ist dieser Ordner allerdings leer.