Si se cambian los propietarios el sistema pasa por encima de todo lo que tengas...
la finalidad del panel es completar el upgrade y si para ello tiene que que cambiar propietarios, machacar configs dns u otra necesidad lo va a hacer
como bien dice el amigo @Nuxwin las exotic configs lo ponemos nosotros, y hay que estar pedientes de ellas, algo tan simple como tener el puerto 583 o 587 por poner un ejemplo es eliminado de un plumazo, un registro A manual y un largo etc... como php.ini . conf su usas fpm.
Asi que hay que ir apuntando aquellos cambios significativos sobre nuestro sistema para luego hacer una copia antes del upgrade, ya cada vez menos usamos las consola, pero aun hay cosas que se hacen manualmente que son eliminadas al hacer los upgrades o hacer alguna regeneracion sobre el panel.
Si se cambian al hacer el upgrade, no hay problema...en el script de actualización le meto el chown y así cada vez que actualice le vuelvo a cambiar el propietario.
El problema es que no estaba seguro de si se habían cambiando al actualizar o no...y ya estaba acojonado pensando que tenia gente cocinando en mi cocina. 
Muchas gracias kurgans.