La 1.3 no esta para ponerla en produccion si para un vps tuyo que puedes reportar incidencias... pero no mas
El listner no falla te habra reescrito una linea en este archivo uno por dominio
/etc/apache2/sites-available/undomino.com.conf
RedirectMatch permanent ^(/(?:ftp|pma|webmail)[/]?)$ http://BASE_SERVER_VHOST$1
Si te ha metido esas lineas y no te funciona ya deberias mirar tu config mas detenidadmente....
Y yo empezaria poniendo las llamadas manualmente
http://BASE_SERVER_VHOST/webmail
A ver si hace el salto ... y en funcion de lo que obtienes ya mirar pacá o pallá