Al final he tardado unos días en poder probarlo (vacaciones de por medio y tal), y sigue dando problemas. He tenido que poner el cron para reiniciar el servicio dovecot cada 15 minutos y con eso han bajado las quejas...pero aun asi entre 15 minutos y 15 minutos alguna vez se ostia.
Creo que como el servidor está mayor, voy a proceder a montar uno nuevo con una versión mas moderna de i-mscp y voy a pasar los dominios poco a poco...a ver si con eso me quito los problemas. Muchas gracias kurgans por la ayuda