Es ist scheiß egal, ob nur die subdomain im cert drin steht oder nicht. Binde einfach das Zertifikat in deine Domain ein, dann wirst schon sehen, dass es klappt. Vor allem, wenn du als subdomain noch www verwendet hast, solltest du keine Probleme damit haben. Ich hab über das Wochendende 2 weitere Zertifikate für eine Webseite erstellt, einmal domain + www und einmal domain + andere subdomain. Beides hat wunderbar geklappt. Für mehrere Domains kann man selbstverständlich auch Zertifikate erstellen und das ohne zu zahlen.
Ganz dreckig wäre es denke ich auch möglich ein gültiges Zertifikat der Domain zuzuordnen (muss nur akzeptiert werden, kann auch einer anderen Domain zugeordnet sein) und dieses dann wieder zu löschen. Dann sollte beim Seitenaufruf über https ein selbstgeneriertes Zertifikat verwendet werden. Ansonsten sollte es auch möglich sein in der imscp-Datenbank bei der Domain ssl auf true zu setzen (sofern es sowas gibt). Schau einfach mal nach.